Kolme aasta jooksul tuleb õpilasel läbida vähemalt 6 valikkursust. Valikkursuse avamise eelduseks on 14 õpilase huvi. Mitmed valikkursused läbivad mitmeaastast programmi, seega nende valimine eeldab valmisolekut kursuse läbimist mitmel aastal, kuid on olemuselt ka mitme kursuse eest.
Valikainetena võib arvestada ülikoolides või teistes koolides pakutavaid kursusi (näiteks Tartu Ülikooli Teaduskool, TLÜ Õpilasakadeemia, EKA eelakadeemia). Enne väliskursuse valikut on oluline konsulteerida õppejuhi või õppekorraldusjuhiga.
Valikkursustele võib toimuda sisseastumiskatse.